Theo Ngân hàng Nhà nước, tình trạng sở hữu cổ phần, sở hữu chéo giữa tổ chức tín dụng, tổ chức tín dụng và doanh nghiệp dù đã giảm đáng kể so với giai đoạn trước đây, song việc xử lý vấn đề sở hữu vượt giới hạn quy định, sở hữu chéo vẫn còn khó khăn. Điều này dẫn đến tình trạng tổ chức tín dụng có thể bị chi phối bởi các cổ đông này, tiềm ẩn nguy cơ hoạt động thiếu công khai, minh bạch.